农业部南京设计院1985年经农业部批准成立。现具有建设部颁发的农林行业（种植业工程）、农林行业乙级（兽医/畜牧业工程、设施农业工程）、建筑乙级设计资质及国家发改委颁发的农业、建筑工程咨询丙级资质。并可从事相应的建设工程总承包业务以及项目管理和相关的技术与管理业务。本院是农业部华东地区资质设计单位，是以提供农业工程全程技术服务为主的单位，提供从项目的前期酝酿、策划整合，到项目申请书、可行性研究报告、工程规划、工程设计、直项目建设过程管理等全程技术服务。拥有强大的农业工程技术支撑体系（现代农业生产装备、农业资源开发与设施农业工程、农副产品加工、植保与环境工程、农机化发展研究、特色经济作物生产装备工程、检验与测试、农业工程规划设计研究等八个工程技术），一批长期从事农业产业发展研究、工艺技术及装备研发、现代设施农业、农产品加工研究的专业人员，为业主提供技术服务。同时建筑工程拥有一个专业水平高、精干而又有丰富经验的团队。专业配置齐全，涵盖农学、农田水利、土地利用规划、农产品（食品）加工及储存、畜牧、兽医、环境工程、建筑（含城镇规划、室内设计）、结构、电气及智能化、采暖通风、给排水、动力、机械、技术经济专业等。本院与农业部工程建设服务、中国农业科学院、南京农业大学等单位有着良好的合作关系，包括与农业部工程建设服务合作成立农业部工程建设服务南京分等。对国家农业政策方面及产业工作的把握能力较强，项目申报整合具有很强的针对性，并拥有良好的渠道资源。为适应中国现代农业发展需要，拓展中南地区业务，总院在原来业务范围的基础上，多方招揽人才，于2015年8月成立农业部南京设计院中南分院，该分院现有技术人员15人，专业涉及到农业机械工程、食品加工工程、畜牧工程、城市规划、土木工程、环境与保护工程、建筑学等方面，各专业带头人均为从事其专业相关设计工作8年以上人员，经验丰富。   中南分院承接业务已涵盖到各类农业园区规划、农业标准生产示范园区建设、设施农业、畜禽养殖、农产品加工（含畜禽屠宰）等，并获得了客户的一致好评。  农业部南京设计院中南分院秉承总院用户、质量的原则，对每一项工程都精心设计、精心服务，努力打造自身品牌，现正向更高的目标迈进。