交通运输部水运科学研究院作为部直属一级科研事业单位，在交通运输部直接领导下，已走过半个世纪的历程，经过几代人的努力拼搏，已从初期几十人的研究所发展成为拥有近五百名员工，集水运研究、行业发展咨询、工程设计承包、新技术产品开发和技术管理培训为一体的综合性研发机构，为行业发展的重大决策和重大建设提供了强有力的智力支撑和技术支撑。
半个多世纪的奋斗历程，我院建立了有利于可持续发展的运行机制，造了一支可支撑行业发展的人才队伍，拥有了支持产品研发、成果转化的科研试验条件，基本确立了行业科技主力军的地位 。我院在行业发展战略、规划和管理研究；水运安全研究与评估；港口集装箱与散货装卸工艺、散货码头自动控制和管控一体化等技术领域一直处于国内地位；环保研究与评估、水运信息系统设计与开发、港口装备研发与咨询等技术领域一直处于优势地位；在近年发展起来的水运节能与航运法律等研究领域也已呈现出具有强劲发展潜力的新优势 。