安徽全椒中学的前身是明万历年间的“望阳书院”，清乾隆中期更名为“襄水书院”。1902年始创为现代意义的中学，是全省创办早的中学之一。1958年定名为“安徽全椒中学”。1961年郭沫若为学校题写校名。1999年被批准为安徽省示范性普通中学学校授予“西北工业大学生源地”“南京军区国防生生源地”。同年，全椒中学初中部剥离并且被并入全椒县第三中学。2009年，全椒中学留在原址的高中部（即被批准为安徽省示范高中的部分）正式划归全椒慈济中学（全椒县政府和慈济基金会合作办学，学校实行董事会管理，13名董事，全椒县政府方面占6席）。全椒县第三中学（只有初中）迁入全椒中学旧址，成为只有初中部分的全椒中学。