为加速城市化步伐，2001年7月，根据中共东莞市委办公室《关于成立东莞市城市建设工作领导小组的通知》（东委办（2001）42号）和《关于成立东莞市城市建设工程总指挥部的通知》（东委办（2001）43号），成立东莞市城市建设工作领导小组和东莞市城市建设工程总指挥部。城市建设工作领导小组下设办公室，城市建设工程总指挥部是市城市建设工作领导小组下设执行机构。城市建设工程总指挥部与城市建设工作领导小组办公室合署办公。

2003年5月，根据广东省机构编制委员会办公室《关于成立东莞市城建工程管理局的批复》（粤机编（2003）84号），组建东莞市城建工程管理局，为市政府直属正处级事业单位,经费开支由市财政核拨。城建工程管理局内设办公室、技术科、工程科、合同科、财务科（市财政局委派）、拆迁办、工程预结算科7个科室，并设立总工室，其主要任务是：
一、参与编制市财政投资的城市基础设施、城市建设开发项目和城市新区建设开发项目的中长期建设规划和年度计划。
二、负责市政府授予的市财政投资的城市基础设施、公共设施以及其它城市建设项目的组织建设。
三、负责工程项目的立项、报建等施工前期工作。
四、组织设计单位进行工程项目方案的设计，审核施工过程中的有关工程变更，解决施工有关技术问题。
五、负责组织编制工程项目概算、工程监理、甲供材料采购、工程物探、勘探、测量放线及单项工程费用50万元以下工程施工的招投标工作，签订合同。
六、负责工程项目施工全过程的协调和管理，组织有关单位进行工程竣工验收。
七、负责与工程项目有关的拆迁补偿及安置工作，签订拆迁补偿合同。
八、负责工程用款的编制和呈批工作，监督合同执行情况。
九、负责工程项目档案的收集、整理、保存、查询、移交等工作。
十、承办市委、市政府交办的其它事项。