东莞市海洋与渔业环境监测站(以下简称监测站)，于2003年3月28日由东莞市机构编制委员会批准成立，继而增加了东莞市渔业质量监督检验站（东机编[2003]33号）、东莞市黄唇鱼自然保护区管理站（东机编[2005]107号）、东莞市海域使用动态监管（东机编[2008]87号）等三个单位。目前四块牌子一套人马，直属市海洋与渔业局领导。
一、主要职能：
（一）负责海洋与渔业水域的常规监测和赤潮监测及海洋污染事故的应急监测；编写东莞市年度海洋环境质量公报；海洋渔业资源的动态监测；渔业资源的调查、保护，资源增殖放流和增殖水域放流效果检测；调查渔业污染事故并提供结论；参与建设项目对海洋与江河资源环境影响的评估工作等。
（二）承担国家、省、市下达的渔业质量和水产品残留物质的监控任务；水产品质量监督抽样检验和证书管理产品的检验；受委托对水产苗种、饲料、鱼药、鱼粉等进行监督检验；监测监视水产品生产、加工的环境质量；负责水产品质量抽查等工作。
（三）负责黄唇鱼自然保护区保护管理以及资源与环境监测研究。进行黄唇鱼鱼类资源调查、黄唇鱼保护区水域环境和资源监测和黄唇鱼的救护、驯养，以及组织有关部门一同开展黄唇鱼的科学研究工作；进行自然保护区的宣传教育等研究；进行日常巡查和水域生态常规监测。
（四）负责我市年度海域使用动态监视监测工作方案的编制；承担国家和省要求的海域使用动态监视监测任务；开展所辖海域地面监视监测、异点异区海域使用监测核查与信息反馈、海域使用动态监视监测产品制作与信息服务；负责市级海域使用动态监控与指挥平台的建立与维护等。