复旦大学出版社成立于1981年，2001年，与上海医科大学出版社两社合并，成立新的复旦大学出版社，下辖二级社复旦大学电子音像出版社。2009年9月，出版社正式改制为复旦大学出版社有限公司，现下设编辑部、营销部、出版部、行政部、财务部、市场部、法务部，另有电子音像出版社、复社图文制作公司、经世书局、复天公司等核算机构。编辑部下设人文、理科、综合等编辑室和经管、外语、医学三个分社。
复旦大学出版社现有员工160多人，年出版新书600余种。复旦大学出版社一直坚持高水准教材与原创性学术著作的出版理念，强调出版社尤其是大学出版社应该承担起主体出版的重任，坚持大学出版为大学教学与科研服务的宗旨，强化学术出版功能，为繁荣学术和文化的传承做出贡献。
为了使出版理念落到实处，复旦大学出版社实施“721”出书工程规划，即大专院校教材达70%，学术专著占20%，社会读物占10%。先后打造了复旦“博学”与复旦“”两大知名品牌；“复旦博学”已推出人文、社科、经管、科技、外语、医学等6个系列近500种高校教材。这套书以原创性、高质量以及名校、名家、名作作为追求目标，现在已经形成较大影响。图书品种还在不断优化和扩充中。2004年，复旦社推出“复旦”系列。目前，“复旦”已推出经济、管理、物流、会展、保险、外语、学前教育等7个系列的100多种高校教材。复旦“博学”、复旦“”系列教材涵盖高等教育一级学科二十几个专业、数百种课程，《中国文学史》、《中国人口史》、《中国思想史》、《晚明史》、《旧五代史新辑会证》、《中国文学史新著》、“复旦学人文库”、"火凤凰学术遗产"丛书、"名家专题精讲系列"、"现代医学系列"等等，均是原创性或性的重大学术成果。
复旦大学出版社的作者队伍经历了从以复旦作者为主，到复旦作者和外地外校作者并重的转变。依托复旦，面向全国组稿，在全国范围寻找适任的作者，是编辑组稿和选题论证时首先考虑的问题。北京大学、清华大学、浙江大学、上海交通大学、华中科技大学、武汉大学、南京大学、南开大学、中国人民大学、厦门大学、吉林大学、北京师范大学等一大批名校的名师成为复旦出版社的作者，哈佛大学、哥伦比亚大学等海外名校的作者也不断加盟，复旦作者的比例已从前几年的80％下降到50％，非复旦作者的比例正呈不断上升趋势。
复旦大学出版社是获得图书奖较多的几家出版社之一，被媒体誉为大学出版界的“获奖专业户”。在全国大学出版社中，无论获奖等级还是获奖数量和比例，都名列前茅。20多年来，复旦社已经有300多种图书获得过包括中国图书奖在内的各种奖励500多项。其中，图书奖14项。复旦社将上海出版界的重要奖项――“上海出版人奖”的所有奖项囊括其中，成为上海出版界获此殊荣的出版社。在上海市新闻出版局正式发文公布的2005年上海市图书社会效益评估报告中，复旦出版社以93.9的高分名列上海14家大学出版社名，在上海所有出版社中名列第三。新华社以“摇钱树不出，为本好书等11年”为题，对复旦社致力于学术出版，重视出版的社会效益的做法给予报道，中国新闻出版报、解放日报、文汇报、文汇读书周报等业内外媒体也对复旦社多年来坚持致力于原创性学术著作出版的理念给予广泛报道。
同时，复旦社并不排斥经济效益，建社以来，出书、经营规模逐年扩大，现已达年出图书近千种。复旦社的经济呈现快速增长势头。销售码洋从2000年的7708万元到2005年达到2.1亿元，实现利润从2000年795万元到2005年的2166.45万元，相当于翻了两倍多。“十五”期间，复旦社累计上交学校2000余万元，资产总额净增5283万元，达到8935万元，国有资产得到增值，我社的经济实力也不断壮大。2006年，销售码洋达2.4亿元，2007年销售码洋2.7亿元，2008年销售码洋2.8亿元。