鼓楼区总工会的前身是福州市总工会鼓楼区、大根区工会办事处。1951年9月，福州市总工会在鼓楼区、大根区设立工会办事处，实行按块管理。1956年2月，两区工会办事处撤销，工人会员按专业工会由福州市工会联合会管理。1958年4月，福州市工会联合会恢复福州市工会联合会鼓楼区办事处（鼓楼区、大根区已于1956年4月合并为鼓楼区）。1963年4月，鼓楼区工会办事处再次被撤销。“”初，福州市总工会组织瘫痪，活动停止。1973年4月成立红卫区工会（鼓楼区的改称）。1978年4月，改为福州市总工会鼓楼办事处。1979年2月，因区属工业全部上调，鼓楼区工会办事处撤销。1983年6月，部份市属工厂下放回鼓楼区管理，福州市总工会鼓楼区办事处恢复。1985年2月，鼓楼区工会女职工委员会成立。继之，在有25名女工以上的企业中成立女职工委员会。1993年，在非公企业建立基层工会组织。1997年9月根据上级工会的指示，成立福州市鼓楼区总工会。
鼓楼区工会在福州市总工会的领导下，从五十年代开始，组织职工学习、开展各种活动做了大量工作。“”期间，工会组织一度处于瘫痪状态。区工会经过几次撤销、恢复的过程，直到1983年再次恢复，区工会逐步恢复了正常工作。80年代以后，区工会认真履行“维护、建设、参与、教育”四项社会职能，努力推进党的全心全意依靠工人指导方针的贯彻落实，加大政策参与力度，在企事业单位积极推行职工代表大会制度，切实保障职工的经济利益和民主权利。1994年全国总工会十二届一次执委会提出工会工作总体思路，在市总工会领导下，适时调整工作部局，进一步突出工会维护职能，以贯彻实施《劳动法》为契机，认真抓好非公有制企业工会组建，职工经济技术创新活动，“春风行动”、送温暖工程、平等协商、集体合同和职工代表大会制度等项工作。近年来区各级工会按照市总“五突破一加强”和“三个大限度”的要求，重视加强工会自身建设，坚持以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，强化思想政治工作，牢固树立“心系职工、服务基层、团结务实、争先创优”的工会形象。1986年、1990年区工会、区女职工委员会两次分别被评为省工会、省女职工委员会；1992年，区工会、区女职工委员会分别被省总工会、省女职工委员会评为集体；1994年，区女职工委员会被评为全国女职工委员会集体；1998年，区工会被评为省推行平等协商集体合同制度工作单位；19971999年区女职工委员会被评为省女职工工作集体；1999年，区工会被评为福州市厂务公开单位；2001年，“春风领导小组办公室”被评中共福州市委、市政府授予福州市实施“春风行动”单位；2002年，区工会被评为省工会财务工作单位；2005年，区总工会被省总工会评为县级工会工作机制创新奖；2006、2007年，区总工会被评为省工会信息工作单位。
鼓楼区总工会下辖九街一镇10个工会联合会、社区工会77个、公有企事业工会146个、机关工会21个、乡镇企业工会77个、三资企业工会138个、私营企业工会360个，已建工会单位职工42867人，发展工会会员40964人。区总工会机构设置：主席：林学娟，负责区总工会全面工作。副主席、经费审查委员会主任：郑少桦，协助领导分管厂务公开、信息、保密、法律咨询服务、劳动关系三方协商等工作；负责工会经费审查审计工作。机关内设：办公室、组建部、维权部、女工部、财务部、经审办。