福建中医学院创建于1958年，是我国创办较早的高等中医药院校，是福建省建设高校。
办学体系完善。学校设有9个系、部，4个二级学院，2个研究院，有中医骨伤科学、中西医结合临床2个博士学位授权点，18个硕士学位授权点；有中医学、七年制中医学、针灸推拿学、中西医临床医学、临床医学、医学影像学、药学、中药学、药物制剂、制药工程、市场营销、护理学、公共事业管理、应用心理学、食品科学与工程等26个本科专业及方向。现有全日制在校生8000多人，研究生900多人。

师资力量雄厚。全校现有教职医护员工2400多人，其中具有职称的专业技术人员400多人；拥有一批名老中医学术继承人指导老师、国家有突出贡献的中青年、福建省、国务院特殊津贴等。2002年和2007年，学校在教育部组织的轮、第二轮本科教学工作水平评估中均获得“”成绩。
学科体系健全。有1个国家中医药管理局学科，7个省局级学科；2个国家（局级）三级科研实验室，5个省级实验室。2003年以来，作为福建省八所建设高校之一，学校以学科建设为核心，建设了中医骨伤科学、中西医结合临床、中医诊断学、方剂学、中医康复学等学科，带动其它相关学科的发展，取得了显著的成绩。2008年，学校再次被列入福建省建设高校。
临床实力较强。学校有福建省人民医院、福建省第二人民医院、厦门市中医院等8所附属医院，19所教学医院，26所实（见）习医院，临床基地实力雄厚，体系健全。有9个国家中医药管理局局级专科、专病，12个省级专科、专病。校本部设立国医堂医院，为社会提供服务。
办学条件优越。拥有两个校区，共占地1096亩，各类建筑总面积28万多平方米，教学科研仪器设备总值8600多万元，图书文献总量180多万册。学校各类设施优良，配备了现代化的教学、科研、行政、生活等设施，建设了富有中医药文化气息的人文景观，是一个环境优美、文化浓郁的校园。学校1998年、2000年、2002年、2006年四次被福建省委、福建省人民政府授予“文明校园”荣誉称号。
办学特色鲜明。学校与美国、德国、澳大利亚、日本、马来西亚、、香港等国家和地区的高等院校、科研医疗机构、学术团体建立了稳定的合作关系。学校是内地所招收学生的中医药院校，现有台港澳学生及外国留学生400多名，其中多数为学生，对台交流与合作是学校的办学特色。
在新的发展阶段，全校师生医护员工将进一步更新观念，开拓进取，努力把学校建设成为一所以中医药为主体，多学科协调发展，培养高层次中医药人才，服务海峡西岸经济区，具有鲜明办学特色的教学研究型中医药大学。