2003年，雁山区实行机构改革，雁山区教育局与科技局合并，成立雁山区教育科技局同年，撤销乡镇教育管理委员会及其办公室（乡镇文教办），雁山区辖中小学校由雁山区教育行政部门直接管理，实施“以县（区）为主”的农村义务教育管理体制，雁山区始终把基础教育放在优先发展的地位，坚持“科教兴区”战略，积极谋划教育发展规划，巩固提高“两基”和“普实”成果，全面实施素质教育，努力提高办学水平。2005年，荣获“桂林市中小学实验教学单位”称号；2007年，顺利通过国家“两基”验收；2008年，荣获自治区“规范收费示范县（区）”称号；2009年，通过市级“两基”复查抽查验收；2010年，通过自治区“义务教育学校常规管理达标县（区）”评估验收，同年，被评为“广西农村中小学财务管理规范市级规范县（区）”；2012年，被列为桂林市义务教育均衡发展和学生营养改善计划试点；2014年，通过市级义务教育发展基本均衡县（区）评估复核；2015年，通过自治区级义务教育发展基本均衡县（区）评估复核。
　　站在历史的新起点，展望未来，雁山教育将继续坚持高举邓小平理论和“三个代表”重要思想伟大旗帜，全面贯彻落实科学发展观、“四个全面”战略布局和党的教育方针，抓住桂林国际旅游胜地和雁山“三区两带”建设发展机遇，创新工作思路，改善办学条件，提升教育内涵，优化学校布局，整合教育资源，提高教师队伍素质，不断满足全区人民群众对教育的需求，努力办好人民满意的教育，促进雁山教育全面、科学、持续发展。