七·七事变后，平津许多院校大学生流亡南下，其中有不少中学生。贵阳私立清华中学的创办者们抱着教育救国的思想，倡议办一所中学为他们服务，并藉以训导青年，培养民力，宣传抗战，为驱逐日寇贡献力量。这是爱国的义举，也是许多失学待业青年的要求。因此，一开始得到社会各方面爱国人士的大力支持。有的慷慨解囊渡相助，有的代为集图书，有的为办学提出宝贵的建议。贵阳私立清华中学是在抗日烽火的历史年代中创办起来的。

1937年七·七事变后不久，清华大学研究生万福（思立）、唐宝鑫（唐宝心）由北平疏散到武汉。他们目睹大批青年流亡学生失学流浪，计议办一所学校为其服务，随即邀集清华大学校友徐步墀、索天章、李振麟、盂昭彝、靳文翰于1937年10月10日在武昌平津同学会会所召开筹备会议。会议商定兴办一所中学，藉以训导青年，培养民力，为宣传抗日，驱逐日寇贡献力量。这个办学目的，紧扣着当时历史对教育的要求。
筹备会议以后，又陆续有宋士英、赵永昌、冀吉甫三位清华大学校友加入创办人行列。他们经过多次商议和多方联系，得到了当时在长沙筹办临时联合大学的清华大学校长梅贻琦、教务长潘光旦、秘书长沈履、文学院院长冯友兰、理学院院长吴有训、法学院院长陈岱孙、工学院院长顾毓琇和热心教育的社会人士的支持和赞助，并征得梅贻琦校长的同意，命名这所学校为清华中学。随即他们在汉口筹集经费，购买仪器、教具，物色校址。后得汉口《大公报》主笔张季鸾指教，建议到大后方贵州去办学，他说热心教育事业的清华学堂老校长周诒春先生即将出任贵州省政府委员。

1938年2月7日，万福、宋士英二人先到贵阳谒见周诒春，向他说明办学计划，并代表全体筹办人员表示了准备长期吃苦的决心。周诒春对这些青年的志向和决心非常赞许，慨然把创校重担放到自己的肩上。当即把省府为他个人租定的住房，让给这些青年居住。1938年4月，万幅、唐宝鑫、宋士英、徐步墀、索天章、李振麟、赵永昌、冀吉甫几位创办人全部聚集贵阳。
经周诒春和创办人的努力奔走，几经周折，后租定贵阳龙泉街复圣祠为临时校址。随即雇工并加上自己动手，短时间内即将校舍修葺一新。与此同时又增聘了几位教师，并进行了招生工作。初、高中一年级各招一个班，另招高中补习一个班，只招男生，共一百一十五人，于1938年5月l日正式开学，定名为私立贵阳清华中学。

1938年9月长沙失守，湘桂局势吃紧，纷纷内迁，贵阳的房屋越来越紧张。加之日寇飞机时来骚扰，影响上课。省政府决定市内学校一律迁到郊外，以策安全。当时清华中学学生中有国民党军人吴其伟的侄子，他说吴其伟在南郊大水沟附近有一片农场，愿意无偿捐赠给学校。于是唐宝鑫和万福各租一辆自行车到农场实地考察。那里面积不小，而且有几幢房屋，条件不算很坏。但是地理位置不好，距离公路太远，过于偏僻，交通不便。二人看了以后不敢决定，骑车出来又向南行进。在大水沟之南四公里左右，一条清澈的溪流从西向东流到靠近山脚的地方折向北流。溪上有一座大石桥，桥边有一块小石碑，镌刻着两个大字花溪。桥北公路两侧各有几间民房，两年前红军过境时留下的大字标语赫然犹在。从桥头向西折，有一座麟山，山下是一所小学。麟山南侧是龟山，不高，上面有一座清晖楼，门额上一块白色木匾，上写水木清华四个大字。这一带称得上是山明水秀，风景宜人，而且有公路通过，交通方便。他们动心了，水木清华！正是他们理想的校址。

1942年到1944年称得上是清华中学的黄金时代。
这一时期，教师阵容强大，除邀请知名人士外，还有一批西南联大毕业生陆续应聘来校任教。周诒春先生刚从美国布雷默女子大学毕业回国的女儿周姗凤和刚从上海约翰大学化学系毕业的儿子周耀康姐弟二人也来校任教。此外，学校还从贵州大学延聘几位教授来校兼课。

这一时期,清华中学的创办人秉承了清华精英的教育救国思想，前来任教的各路人才带来了的教育理念，带来了民主与科学的思想，清华中学得风气之先，一时间名扬海内外。