广州市微生物种质资源库是在广东省科技厅、广州市科技局立项支持下建立的，设工业发酵微生物、海洋微生物、检测微生物3个子库。现巳保藏2000种（株）微生物菌种。
广州市微生物种质资源库向高校、企业、研究机构优惠提供微生物标准菌株，主要有检测、研究用菌种如：大肠杆菌、白色念珠菌、枯草芽孢杆菌、表皮葡萄球菌、沙门氏菌、球毛壳霉、宛氏拟青霉、桔青霉等；发酵生产用菌如：双歧杆菌、啤酒酵母、乳酸杆菌、醋酸杆菌、米根霉、黑曲霉等；食用菌如香菇、草菇、平菇、秀珍菇、灵芝、鸡腿菇等。