海军航空工程学院前身是1950年8月在山东青岛成立的海军海岸炮兵学校。1979年4月，被教育部列为军队首批全国高等院校之一。1986年6月，学院正式定名为海军航空工程学院。
海军航空工程学院是一所以培养海军航空工程技术军官为主的综合高等军事工程技术院校，学院现有5个系，12个中专专业，14个大专专业，14个本科专业，6个硕士研究生学科点。现有专任教师550余名，教授、副教授、工级师、实验师130余名。
海军航空工程学院面向全国招收地方高中毕业生和高中文化程度的士兵入学，培养大学本科、专科和中专学历的工程技术干部和军事指挥干部。面向全国招收大学本科毕业生或具有大学本科学历的在职人员培养硕士研究生。