海南港航控股有限公司是在原海口港集团公司和海南省海运总公司的基础上，对国有资本权益进行重组而组建的，于2005年1月24日挂牌成立。公司是从事港口装卸、仓储、水上客货运输、集装箱运输、外轮理货、船舶修理、商业贸易、旅游、房地产开发、物业管理等多元化的综合性经济实体，是目前海南省大的国有港航企业。

海南港航对拥有的海口秀英港区、海口新港区、马村港区3个港区实行统一规划、统一建设、统一经营、统一管理。海口秀英港区是海南省的交通枢纽和客货集散，在我国沿海港口发展战略中被交通部列为全国沿海主要港口和海南省国际集装箱干线港口，属国家一类开放口岸。海口新港和马村港已经国家验收，于2005年6月1日起正式对外开放。海南港航现有码头泊位40个，其中3万吨级集装箱泊位2个，1-3.5万吨级杂货泊位4个，5000吨级杂货泊位2个，3000吨级以下杂货泊位3个，其他车客滚装、客运等小泊位29个。年吞吐能力为集装箱56万teu，旅客613万人次，滚装车辆100万辆。拥有客滚船14艘、普通客船2艘、生产辅助船舶4艘和旅游船1艘，各类主要生产机械设备共274台，仓库5.03万平方米，堆场30.12万平方米。

海南港航的定位：全国沿海主要港口，北部湾地区集装箱港和重要的物流，海南省陆岛运输门户港，地区经济发展的综合交通枢纽。