建设综合勘察研究设计院前身是人民政府建筑工程部设计公司下属的勘察组，始建于1952年7月，当时仅承担一些土压试验工作。
1953年2月，原设计公司改组为设计院，勘察组扩充为勘测室，称建筑工程部设计院勘测室，主要从事地形测量和工程地质勘探及土壤试验。勘测室的工作性质开始由担任一般的民用建筑转向工业建筑勘测。
1954年10月9日，建筑工程部设计院勘测室扩充为建筑工程部勘察公司，公司在原有业务的基础上，又增设了建筑材料试验业务。
1956年4月，公司已在陕西、湖北、四川设立了西北、中南、西南三个分公司，此时，全公司的人数已达到1000人，勘察公司改组为勘察院。
1956年5月24日，建筑工程部综合勘察院正式成立，机构设置为测量室、工程地质室、水文地质室、建筑材料室、试验室及8个职能处室和三个分院，业务范围又增加了水文地质专业。
1958年，建筑工程部先后决定将原建筑材料工程勘察公司332人、建筑工程部机构凿井公司约800人及部各设计院的勘察力量集中到综合勘察院，使之队伍增3900人。在同年的7月和10月，综合勘察院又分别在上海、东北成立了华东分院和东北分院。从此，综合勘察院已拥有了一支具有相当规模和一定技术力量的勘察队伍。
1960年，由于基本建设战线的缩短，建工部决定精简勘察机构，1961年1月12日，综合勘察院及其所属分院被撤销。各省、市、自治区设计机构的勘察力量合并到部非金属矿地质公司及各分公司。
1964年3月9日，建工部决定将非金属矿地质公司和分公司的勘察、凿井力量集中起来，恢复综合勘察院和机械凿井公司。综合勘察院的机构设在北京，设有政治部、生产技术室、设备供应室、办公室、财务科及三个勘察队和一个研究室，并在西北、西南、中南、华东建立分院及东北勘察大队，全院总编制为1490人。主要承担国家工程、援外工业建筑勘察；配合本部各设计院设计的工程地质和测量工程及工业、农业凿井任务。
1969年，遵照上级关于干部下放劳动的指示，综合勘察院部分干部于5月份去河南“五七”干校，半年后，全院迁河南博爱。
1970年9月30日，国家建委决定将综合勘察院下放山西，基地建在太谷。期间，综合勘察院下属的各个分院相继下放给当地领导。
1974年，国家建委根据国务院、军委关于“组织勘察设计队伍承担邯邢基地有关勘察设计任务”的指示，于同年7月29日决定将综合勘察院调河北邯郸，组建华北勘察院，承担邯邢基地、国家建设项目和援外工程的勘察任务，以及有关勘察方面的技术归口工作。
1978年2月25日，国家建委决定将华北勘察院改由建筑科学研究院领导，更名为建筑科学研究院勘察技术研究所，同时迁北京，主要承担建筑勘察技术、勘察机具的研究和勘察技术的管理工作。
1982年，在城建、建工、建材等行业的基础上组建了城乡建设环境保护部。1983年6月21日，勘察技术研究所恢复为综合勘察院并从建研院中出来，由城乡建设环境保护部直接领导。主要承担城乡建设和国家工程勘察任务，开展国际工程勘察承包和咨询业务；负责城乡建设工程勘察和科技攻关、技术开发、技术交流及技术推广工作；并组织编制城乡建设工程勘察的技术规范、规程。
1985年10月11日，为了加强勘察领域的科学研究工作，国家科委批准综合勘察院改名为综合勘察研究院。此，综合勘察研究院已具有工程勘察、工程总承包、施工一级、设计乙级的资质，并进入了“中国勘察设计综合实力百强”单位的行列。同时，成为勘察设计行业中批有对外经营权的经营实体，并在香港、深圳、珠海、汕头、海南等地设立了分支机构，综合勘察研究院已成为拥有相当实力水平的勘察研究机构。
1988年4月，城乡建设环境保护部更名为建设部，综合勘察研究院更名为建设部综合勘察研究院。
1994年3月，建设部综合勘察研究院更名为建设部综合勘察研究设计院。
2000年10月，根据国家关于部属科研事业单位转制的精神，建设部综合勘察研究设计院与建设部脱钩转企进入中国电子信息产业集团公司，成为该集团公司直属科技型企业。
2001年，建设部综合勘察研究设计院进行更名，即建设综合勘察研究设计院。
2009年，建设综合勘察研究设计院股份制改造完成，更名为现名称，即建设综合勘察研究设计院有限公司。
2011年，建设综合勘察研究设计院有限公司安徽分院成立。