南京大学昆山创新研究院是由昆山市政府和南京大学共建共管，昆山市人事局编制办公室批准的事业法人单位。研究院依托于南京大学的人才和技术优势，紧密结合昆山的产业特色和发展需求，以昆山的新材料、新能源等产业的关键、共性技术需求为主导，构建政产学研紧密结合的科技创新创业平台，开展技术应用研发和成果转化工作，培育和发展创新型科技企业，为昆山的跨越发展提供科技支撑和智力支持。
南京大学昆山创新研究院下设南京大学昆山现代化研究院、南京大学千人计划昆山工作站、南京大学产业经济学博士生昆山工作站、南京大学研究生创新能力培养实践基地、南京大学学生创业业基地等。已经建立了南京大学昆山太阳能利用技术工程，进行氢能与燃料电池、染料敏化太阳电池等技术的应用研发。目前已有国家 “千人计划”、长江学者讲座教授叶金花，长江学者特聘教授、973科学家邹志刚，教育部新世纪人才周勇教授等国际知名学者及40多位研究生入驻南京大学（昆山）创新研究院从事应用科学研究与技术服务工作。
南京大学昆山太阳能利用技术工程的部分研究成果—燃料电池和离网式风光互补电源已经直接转化到昆山桑莱特新能源科技有限公司，进行批量生产与销售。