基础微生物实验室是以微生物应用基础理论为主，突出微生物应用特色的开放实验室，主要研究方向有：
1 ．发酵工艺与代谢调控 ; 2 ．再生资源的微生物转化 ; 3 ．生物活性物质的利用 ; 4 ．微生物育种与工程菌构建。该实验室已经具备工业微生物育种、发酵与代谢调控、微生物生长反应学、工艺控制与分离提取、工程菌构建等应用基础理论研究能力，可以承担工业微生物领域应用基础研究的重大课题，成为发酵工业人才培养基地和科研开发基地，实验室的建设对推动我省微生物产业的发展起到了重要作用。
学生主要任务是辅助老师完成微生物相关的接种、染色、镜检、测微、计数、发酵等教学工作，并完成老师给的有关微生物的课题等。