南京水利科学研究院勘测设计院有限公司隶属于南京水利科学研究院，成立于1984年，主要业务范围为水运行业、水利行业、建筑行业、海洋行业的勘察、设计、研究、项目管理及工程总承包。现具备水运行业（港口），勘察专业类（岩土工程），水利行业（水库枢纽、河道整治、灌溉排涝）乙级、水运行业（通航建筑、修造船厂水工）乙级、海洋行业（沿岸）乙级，建筑工程设计及相应的工程咨询和装饰设计乙级，工程勘察专业类水文地质、工程测量乙级等勘察设计资质。
设计院依托南京水利科学研究院在水文、水运、水利、岩土、材料等专业雄厚的科研实力，凭借南科院长期基础研究及应用研究的积累，使我设计院具有解决各种工程复杂技术问题的能力。在二十余年的发展中，设计院以水运、水利、岩土等工程项目勘察、设计及咨询为主要特色，不断积淀工程技术经验和扩大综合实力，积极与南京水利科学研究院内的研究部门合作，现已形成独具特色的专业方向和勘察设计管理模式。
设计院重视人才资源的培养，现具备专业全面、级配合理的勘察设计技术力量，硕士及以上学历的技术人员及职称及以上技术骨干占近50%，拥有诸如一级建筑师、一级结构工程师、注册土木工程师（岩土、港口、水利）、注册造价工程师等一大批国家注册人员，技术力量雄厚。勘察设计用设备、仪器、计算机、正版专业软件等配备比较齐全，拥有良好的软、硬件设施。近年来，设计院认真贯彻执行ISO9001:2000质量标准，通过了英国劳氏公司的质量管理体系认证，被评为“重合同守信用企业”，具备“AAA”级资信等级。
在享有南京水利科学研究院的技术装备资源及人才资源这一优势前提下，设计院完成了包括岩土工程、水文地质及工程测量等大、中勘测项目150余项；水利、水运、建筑、海洋等各类大、中型工程设计项目400余项。
南京水利科学研究院勘测设计院有限公司一贯坚持“规范、科学、求实、准确”的质量方针，恪守信誉、提高声望，弥补不足，努力打造市场品牌，把自身发展成技术、服务、管理、独具特色的工程技术咨询服务单位，使之成为缔造工程、培养人才、转化成果的基地。