南京市水产科学研究所创建于1976年8月，是集科研、推广、生产于一体的公益性水产科研推广机构，公益性职能有：水产种质资源保护和地方优质野生品种的驯化、良种选育，渔业水域生态环境保护与水产疫病灾害规律、技术的研究及爆发性鱼病预测预报，渔业服务体系的建设、管理和技术标准的制定、宣贯，水产投入品和产品质量安全监督检测及相关研究，水产增养殖共性技术的研究、推广与培训。
本所总部位于市西侧，交通便利，占地20亩，有办公、实验楼6000m。内部机构设有办公室、财务与资产管理办公室、品种资源研究室、渔业环境与疫病研究、技术推广服务、水产品质量监督检验站、科技开发。
2002年建成南京市水产品质量监督检验站，同年通过省级计量认证，正式挂牌运作，拥有实验室600m，和国内外的检验检测设备；2004年完成省级现代渔业（禄口）科技示范园建设，核心区面积600亩，并建成南京市鱼病医院；2005年建成水域环境修复微生物工程技术研发。多年来历届领导带领全体职工坚持“以科研为手段，以推广为纽带，围绕推广搞科研，围绕推广搞服务，依托服务办实体，办好实体创效益”的工作思路，从事水产应用技术研究、示范推广、苗种生产、鱼病预测预报及、水产品质量监督检验等工作，获省、市科技进步奖30余项，并在科技成果转化中取得显著效益，经济收入稳步增长，科研实验设施得到不断更新和完善。