南京市水利规划设计院有限责任公司，前身为“南京市水利勘测设计室”，是1981年10月成立的市水利局的内设机构，1992年更名为“南京市水利规划设计院”并迁珠江路，2004年10月完成改制，成立南京市水利规划设计院有限责任公司，注册资本600万元。公司具有水利行业（灌溉排涝、河道整治、城市防洪）设计；水利工程监理；咨询；水利行业（围垦、水库枢纽、引调水）设计乙级、水运行业设计乙级；岩土工程、水文地质勘察乙级；市政工程监理乙级；水土保持方案编制乙级；建设项目水资源论证乙级；建筑设计丙级、电气（变电工程）设计丙级及招标代理、土地整理资质，2005年通过ISO9001质量体系认证。
公司历年来承担了多项国家、江苏省、南京市的大型水利工程，例如南京市城市防洪规划、秦淮河流域规划等咨询规划；南京市外秦淮河综合整治、长江河道整治、红山窑水利枢纽的勘察、设计；南钢码头工程、靖江下青龙港港池码头的设计；南钢扬子巴斯夫水系改造、中兴桥泵站、川气东送南京段穿越工程等工程总承包工作。目前，承接项目的地域范围已扩展江苏无锡、淮安、靖江、连云港、安徽皖南、河北、湖北、西藏等省市，今数十个设计、勘察、规划咨询项目分别获部级、省级、市级勘察设计工程奖项。“外秦淮河综合整治水利工程”设计荣获2008年度全国勘察设计行业奖市政公用工程三等奖；“南京市赭山头水库除险加固工程”勘察荣获2008年度江苏省勘察三等奖；“南京市浦口城区防洪排涝规划”荣获江苏省咨询工程二等奖。
公司本着 “的技术、科学的管理、优质的产品、满意的服务”的质量方针，坚持“立足勘察设计主业，稳健开展多业经营；以质量求生存，以服务、效益求发展，服务社会”的发展方针，持续开展以“诚实守信”为职业道德基础的企业文化建设，怀着高度的社会责任感一步步向前发展，取得了骄人的成绩及荣誉。多年来连续被南京市政府评为“建设新南京单位”；2008年被中国水利水电勘测协会评为“AA级信用企业”； 2009年被江苏省勘察设计协会评为“江苏省勘察设计行业诚信单位”、2010年被江苏省勘察设计协会评为“质量管理运行良好单位”和“江苏省勘察设计行业企业”；被江苏省科学技术厅、江苏省工商管理局、江苏省技术咨询协会授予“AAA级江苏省信誉咨询企业”。此外，还多次被南京市总工会授予“和谐劳动关系企业”、“工人先锋号”、“学习型班组”、 “江苏省厂务公开民主管理单位”光荣称号。
公司现设有工程分院、岩土分院、咨询公司、监理公司、项目管理公司、安徽分院6个分院；综合办、总工办、生产经营部、财务与资产部、人力资源部、发展部6个职能部门，共有专业技术人员近两百余，具备各类注册工程师执业资格达一百余人次，专业配置齐全。公司具备一定科研攻关能力，每年在各类学术刊物上发表的学术论文数十篇；多项科研项目获省、市奖项。我公司承担的“长江南京段堤防二元结构堤基渗控研究及应用”课题荣获2010年江苏省水利科技成果一等奖；“平原河流水动力理论及防洪安全技术与创新”荣获2008年度江苏省科学技术进步工作一等奖；“南京市三汊河口新型闸门水力与结构静动力特性研究”荣获2007年度江苏省水利科技成果一等奖。
公司目前是我国高水利高等院校——河海大学科研教学合作基地，被选为河海大学研究生联合培养基地。