内蒙古农村信用社创建于1951年，是由辖内农牧民、农村牧区工商户和各类经济组织入股，为农牧民、农牧业和农村牧区经济发展服务的地方金融机构。2004年，内蒙古自治区被列为全国深化农村信用社改革第二批试点地区，按照国务院关于“国家宏观调控、加强监管，省级政府依法管理、落实责任，农村信用社自我约束、自担风险”的改革要求，内蒙古农村信用社交由内蒙古自治区人民政府管理。2005年8月，内蒙古自治区农村信用社联合社（以下简称“自治区联社”）作为自治区人民政府对全区农村信用社管理的一个平台正式成立。自治区联社既是由全区93家旗县农村合作金融机构（含农商行）和5家单一法人社入股组成，注册资本9248万元，具有企业法人资格的地方性金融机构，同时又是在自治区政府授权下，依法履行对全区农村信用社管理、指导、协调和服务职能，具有一定行政管理性质的管理机关。
截2013年6月末，全区有农村商业银行12家，农村合作银行4家，旗县级统一法人社77家，机构网点2055个，员工总数2.9万人。全区农村信用社资产总额3222亿元，各项存款2444亿元,各项贷款1874亿元, 资产、存款、贷款总量均居全区银行业位；金牛借记卡发卡量达到1618万张，市场占有率居全区银行业首位。农村信用社已成我区资产总额和存贷款规模大、从业人员和机构网点多、服务覆盖面广的地方性金融机构，是农村牧区为重要的金融力量，在新农村新牧区建设和地方经济发展中发挥着日益重要的作用。