南宁交通投资有限责任公司隶属市人民政府领导，由市国资委履行出资人职责，市交通局负责日常管理，公司注册资本5亿元；主要职能是负责南宁市交通项目及所承担项目的投融资、建设、经营，加油（气）站、公共停车场、客运站、港口和码头以及市民卡项目的投资、建设、经营，依法取得项目相关土地并进行土地的开发（包括土地一级开发）及其项目衍生资源的开发经营。
公司按照现代企业制度设立董事会、监事会和经营管理班子。目前，公司领导班子成员7名，其中：书记、董事长1名，副书记、总经理1名，副书记、监事会主席、工会主席1名，副总经理4名。现有员工102名，设部门12个：党委办公室、纪检监察室、行政办公室、生产计划部、前期工作部、征地拆迁部、工程部、计核部、项目开发经营部、财务融资部、枢纽建设办公室、移民工作办公室；下属全资子公司1家：南宁交投能源发展有限责任公司，控股子公司1家：南宁市市民卡信息服务有限责任公司。