1962年定名为政和县南门小学，1966年更名为红卫小学，1968年划归良种场管理，1979年2月恢复南门小学校名，1980年9月，被定为县小学，命名为“政和县实验小学”，1995年9月，恢复南门小学校名，1998年9月校址迁址外洋路，归县教育局直管。

近年来，南门小学以“厚德、博学、务实、拓新”为校训，确立“以发展需求为导向，以科研兴教为，以特色办学为抓手，以提高素质为本位”的全新办学理念。以“办规范加特色学校，育全面加特长学生”为办学目标，努力创建省级达标示范校，在实施素质教育的过程中德育、智育、体育、艺术教育等方面都取得长足的发展。

德育工作中，学校坚持特色德育活动和基础道德教育两轨并行，以爱国主义教育为主线培养学生爱祖国，爱家乡，爱人民的品德和意识，激发学生的民族自豪感；以行为规范训练为，提高学生的文明水平；以雏鹰行动为载体，开展争章活动，培养学生“五自”能力；以构建“学校、家庭、社会”教育网络，形成教育合力；以实施“三、四、五实践教育活动工程”,提高实践能力，完善多层次的德育网络,加强基础道德教育。个性化德育活动得到全面开展，2002年开始的以“诵千古诗文，育时代新人”为主题的古诗文诵读活动，编辑了学生诗集《七星彩梦》，弘扬中华传统美德，陶冶了学生的品行，《福建日报》、《闽北日报》等均对我校这项活动进行了报道；2003年开始的“两法进课堂、法律进校园”活动，探索出法制教育与制度建设相结合，法制教育与课堂教学相结合、法制教育与校园文化相结合、法制教育与养成教育相结合、校内教育与校外教育相结合、法制教育与平安校园建设相结合的“六结合”路子，编印了校本职课程《法与理》，使南门小学平安校园建设取得良好成效，多年中均无学生有违法犯罪纪录，被授予“市法制教育单位”、“市交通安全教育单位”称号。2007年，学校与时俱进的开展了“爱心银行”活动，从培养学生的爱心入手，给每位学生制作了爱心储蓄卡，记录下学生在学校与社会上奉献的爱心以及得到别人的爱心，用爱心的支点来撬起学生良好的道德情操。

南门小学一直是我县小学教育教学研究的领头雁、排头兵，多年都以科研兴教、科研兴师、科研兴校作为学校发展的根本。在推进素质教育的工作过程中，积极探索学生评价改革，广大教师树立多元评价理念、推行多元评价方式，着力于课题研究提高教学效率，学校开展的“‘自主、合作、探究’学习方式实践的研究”是我县个通过省普教室验收的课题，2007年南门小学的“开发古诗文诵读资源、提高学生语文学习能力”和“爱心银行”两个课题同时通过省级课题立项研究。课题研究的开展使教师们的教育教学能力得到迅速的提升，周淑英老师撰写的论文在南平市小学数学年会上获一等奖，是我县个在南平市小学数学年会上论文获一等奖的教师，2003年周淑英老师在南平市数学课堂教学比赛中获一等奖，也是我县个在南平市举行的数学科教学比赛中获一等奖的教师，2007年汤章慧老师在南平市举行的课堂教学比赛中获得名，并代表南平市参加省赛获得福建省课堂教学比赛一等奖，开创了我县课堂教学比赛的新篇章，学校也被授予南平市“教研单位”。在近几年当中学校还开发了校本课程《法与理》、《诗配乐》、《竹屑画、国画、板画》、《硬笔书法》、《数学日记》等。

进入课程改革以来，学校管理立足实际，着眼未来，努力贯彻“以人为本”的理念，制订了《南门小学教师过程性评价方案》，把教育教学管理锁在地过程，强化在过程，同时实施人文管理“六个一”工程，即：每日倾听教师的心声，每周组织一次教职工集体煅炼，每月选一日祝福教职工生日，每年组织一次教职工健康体检，日常葆有一颗关心教师的心，随时为有困难的教师家属献一份排忧解难的爱心。学校管理工作再次迈上新台阶，办学水平日益提高，教学质量稳步上升，取得系列的教育教学成绩：在参加全国奥林匹克数学竞赛中学校的获奖人数连续多年占据全县各校的首位，1998年被中国少工委授予全国“红旗大队”称号,2003年被授予第八届省级“文明学校”，2003年被授予省“关心下一代工作集体”，同年还获得省“教工之家”称号；2004年荣获全国“爱国主义读书教育活动示范校”称号，2003年、2004年连续两年获全国“艺术教育单位”，2004年在全县中小学田径运动会中，该校以高出第二名70多分的成绩获团体总分名，2005年该校代表政和县参加南平市田径运动会获田径传统校团体总分名，2007年代表我县参加南平市“阳光体育运动”会获得名，并代表南平市参加了省赛。同时这些年还先后获得南平市示范小学、市绿色学校、市民主管理单位、市业余训练集体、市“五好”关协等荣誉称号。