农业部南京农业机械化研究所创建于1957年，地处古城南京钟山风景区南麓，属国家全额拨款事业单位。现有在职职工233人，其中研究员21人、工程师57人、工程师64人。经过五十多年的建设，现已形成耕作、种植与收获机械工程、植保机械工程、农产品加工工程、农业资源开发及设施农业工程、特色经济作物机械化工程和农机化发展研究等8个主要优势学科及32个学科发展方向，是农业工程科研领域研究所。
我所建成了博士后科研工作站、农业部农业机械开放实验室、中国农业科学院农业工程技术、中国农科院农业机械实验室、江苏省农作物收获装备工程技术、中国农业科学院南京农业机械野外科学观测试验站、南京市农业机械工程技术研究等科研平台，依托我所建设的农业部现代农业装备综合性实验室已获批建设。加入了生物燃气、麻产业等科技创新战略联盟，拥有国家现代农业产业技术体系油菜、花生2个机械功能研究室和7名岗位。
除科研平台外，我所还设有国家植保机械质量监督检验、全所农机化教育培训、农业部植保与清洗机械质量监督检验测试、机械工业耕作机械产品质量检测、农业部南方种子加工工程技术、农业部南京设计院等单位。主办中文核心《中国农机化》和《农业开发与装备》杂志，编辑出版我国大型工具书《中国农业机械化年鉴》。
我所中长期发展目标：以科学研究为根本，以产业开发为动力，以社会服务为依托，以管理创新为抓手，坚持科学研究、产业开发和服务社会三位一体，优化结构，拓宽领域，立足江苏，面向全国，经过努力，逐步把南京农业机械化研究所建成国家农业工程技术创新、国际农业工程技术合作与交流、南方农业工程技术产业孵化和国家农业工程技术人才培训。