一九九七年，国务院确定120家大型企业集团为现代化企业制度试点单位同仁堂作为全国一家中医药企业名列其中。
一九九七年，由集团公司六家绩优企业组建成立北京同仁堂股份有限公司。同年七月，同仁堂股在六月　上证所上市，这标志着同仁堂在现代化企业制度的进程中迈出重要步伐。
一九九七年，集团公司所属企业八条主要生产线通过澳大利亚GMP认证，为同仁堂产品进一步走十二月　向世界奠定了基础。
一九九九年，同仁堂发展委员会成立。委员会的宗旨是：立足全国、面向世界、着眼未来，提高同仁堂产品的科技含量，为同仁堂在21世纪的腾飞提供拥有知识产权的“重磅产品”。
二零零零年三月，同仁堂大厦落成。
二零零零年五月，成立了北京同仁堂科技发展股份有限公司，同年10月在香港创业板上市，实现了国内A股分拆成功上市。
二零零零年五月，成立了同仁堂麦尔海生物技术有限公司，开始了向生物工程领域的初步探索。　　　　　　
二零零零年十月，在香港成立了同仁堂和记（香港）药业发展有限公司，为同仁堂产品进入国际主流市场迈出了关键一步。
二零零一年六月，与崇文区卫生局合作，组建北京同仁堂崇文中医医院，并于6月18日正式揭牌，标志着同仁堂在实现中医中药有机结合方面，正在进行有益探索。
二零零一年七月，由北京市政府授权的中国北京同仁堂（集团）有限责任公司正式揭牌。这标志着同仁堂实现了规范化的公司制的转变，也是体制上的一次重大变革。
二零零三年一月，北京同仁堂天然药物有限公司成立，标志着同仁堂开始进军天然药物领域。