前身为1975年——1981年的惠安县凤山学校附设初中班及1981——1991年的惠安县坝头学校附设初中班。　　1990年，旅台连氏宗亲连金春等人决定在故乡坝头创办一所初级中学。不久，他们共同捐资5万美元（其中连金春3万美元），由村、镇两级政府共同于坝头凤山村凤阿山下择址并征地15亩，动工兴建一幢高三层共18间教室，12间教师休息室，建筑面积2300多平方米的教学楼，1991年8月，惠安县坝头中学正式创立首任校长曾金伙。1993年，连金春先生又独自捐资60万元人民币，征地15亩，建成一幢高四层共48年套间的教师宿舍楼——“尊师楼”，于1994年投入使用。1996年，连金春先生再次慷慨解囊捐资200万元人民币，征地30亩（包括学校运动场用地），建成一幢高6层，4000多平方米的综合楼（实践楼）。此，坝头中学校舍建设已初具规模。　　随着九年义务教育的深入进行和普及，坝头中学的学生入学率大幅度提高，全校生数，从办学初的10个班级400多人，递增1997年的24个班级1732。2000年达到高峰，学生增30个班2101人。2001年以后，学生人数开始逐年减少，由1816人减少2007年1541人。教师队伍则相对稳定，由办学初始的30余人逐年增1997年的57人，再增2000年的87人，现有专职教师仍有80人。　　1997年，原惠北地区从惠安县拆出，设肖厝经济开发区管委会，惠安坝头中学遂改称为“肖厝坝头中学”，2000年，肖厝管委会升格为“泉港区”，肖厝坝头中学又改称为“泉港区坝头中学”。　　坝头中学建校近二十年来，学校坚持“文明，勤奋，求实，创新”的办学理念，一贯重视提高学生的全面素质，管教管导管成才，许多学生在校时有突出表现。学校先后获得：泉州市创建安全学校活动单位，泉州市“两基”工作单位，泉州市教育局市级初级中学达标学校；泉州市级园林式学校；泉州市普通中学学籍管理单位，泉港区绿色学校、文明学校，泉港区法制宣传单位，泉港区“教坛标兵”竞赛活动单位，泉港区教育工作单位等荣誉称号。