上海浦东工程建设管理有限公司成立于1998年4月，是原浦东新区城建局推行“政企分开，事企分开”改革，将下属事业单位新区公路建设管理署和市政建设管理署建设职能剥离后，重组而成的承担新区政府财力投资市政基础设施项目的专业化建设管理公司。上海市浦东新区交通建设发展有限公司成立于1996年5月，是原浦东新区城建局为上海市地铁二号线浦东段车站建设而组建的国有独资有限责任公司。上海浦东大禹水利工程建设发展有限公司成立于1999年11月，是原浦东新区农村发展局为水利设施建设而组建的有限责任公司。
2001年10月，上海浦东工程建设管理有限公司和上海市浦东新区交通建设发展有限公司划入浦发集团，2002年7月，上海浦东工程建设管理有限公司控股重组上海浦东大禹水利工程建设发展有限公司，2003年3月上海浦东工程建设管理有限公司和上海市浦东新区交通建设发展有限公司实现资产重组合并，上海市浦东新区交通建设发展有限公司和上海浦东大禹水利工程建设发展有限公司成为上海浦东工程建设管理有限公司的控股子公司。三公司合并后按上海浦东工程建设管理有限公司组织机构运行管理，但为了对外承接业务方便，对外保留原有三家公司牌子。从此，上海浦东工程建设管理有限公司项目管理领域进一步拓展，成为一家拥有相当规模的大型综合性专业化工程管理公司。公司业务覆盖市政、公路、轨道交通、公共建筑、环保环卫、水务、绿化等诸多领域，主要承担包括高速公路、城市道路、桥梁隧道、地铁轻轨、雨污水泵站、污水处理厂、垃圾焚烧厂、工业与民用建筑、河道整治、防汛设施、园林绿化等项目建设管理任务以及有关技术咨询服务等，房屋建筑、市政公用工程的监理等。
公司经过多年浦东开发的锤炼积聚了丰富的资源与经验，已经发展成为以政府财力投资项目建设管理为主，兼顾社会投融资项目建设管理，逐步与国际工程咨询公司接轨的现代化管理型和智力服务型企业。截目前，公司管理的已建和在建项目500多项，投资额达近1000亿元。
2000年初，公司成为上海市建设管理行业率先通过ISO9002质量体系认证的企业。2003年公司资产重组后，对质量管理体系进行了梳理，通过了ISO9001质量体系认证及历次监督审核和复评审核。2009年公司依据GB/T19001-2008/ISO9001:2008标版对质量管理体系进行了转版。
公司成立今所建工程项目获得鲁班奖1项、国家优质工程（银奖）2项、中国人居环境范例奖1项、中国市政金杯示范工程13项、上海市白玉兰奖4项、上海市市政工程金杯奖34项、上海市十佳市政金杯工程1项、上海市水利建设质量金奖1项、上海市园林杯优质工程7项、上海市用户满意工程4项、公司连续10年被评为上海市重大工程立功竞赛公司及上海市守合同、重信用企业（AAA级）、上海市用户满意企业、上海市绿化集体、全国水利企业。
2003年9月，公司获得“上海市政府投资项目工程管理公司”（代建制）资质。