上海市环境保护产业研究院，系在科学技术、经济建设、环保产业日新月异、蓬勃发展的新时期，遵循深化改革、创新体制、创新科技、创新发展的精神，由“百位”联合倡议，在企业积极支持下，而成立的“民办非企业公益性”科研单位，与企业紧密结合，与市场紧密结合，充分发挥已经离职和即将离职的、学者、科技人才的聪明才智、研究能力、社会声誉和从事环保产业多年的事业心和工作热情；充分发挥大专院校、科研设计单位和大型企业的科研试验条件；人才资源实行社会化管理、社会化支持、社会化公益服务，是本研究院的特点。
上海市环境保护产业研究院，坚持创新科学技术、尊重科学、重视人才、勤俭建院、求真务实、开拓进取、创新发展的建院精神，积极开展环境建设和环境保护领域里的科技开发研究，加强国际环保技术交流与合作，努力发展和产品；促进高新科技成果产业化、市场化进程；为企业规划发展、加强建设、实行科学管理、获得信息、加强交流、引进技术、开发产品、拓展市场、参与市场竞争提供咨询和技术服务；为政府有关部门制定政策、加强宏观调控、规范管理提供基础服务；为加强行业管理、规范行业行为、制定行业标准、搞好行业服务、促进行业发展提供科学服务。
本研究院下设：大气净化应用技术、电除尘应用技术、固体废弃物资源利用、纸浆模塑、城市综合垃圾处置、固体废物、噪声与振动控制应用技术、有机肥、室内环境检测与治理、机动车污染综合、臭氧技术、工业废弃净化、健康水科学技术、新技术新材料开发14个研究所。经民主协商，由各研究所所长和德高望重业绩显著的共同组成本院技术委员会。[