上海市临床检验系隶属上海市卫生局的事业单位，其前身是始建于1954年1月的上海市立医学化验所，是全国成立早的医学检验质量控制单位，是上海市卫生局授权开展全市临床实验室质量监督、管理和服务的技术支撑单位，1979年1月后改称上海市医学化验所，1985年5月改为现名，1999年1月成立上海市临床检验质量控制。
本单位主要负责：
1. 负责上海市各级医疗机构临床实验室的质量管理，推进检验项目和操作程序的规范化。
2. 参与卫生部全国卫生标准委员会临床检验标准委员会、全国医用临床检验实验室和体外诊断系统标准化、医疗器械生物学评价标准化、中国实验室国家认可委员会技术委员会等标准化委员会工作。
3. 参与制定临床实验室管理等方面的相关标准。
4. 开展检验医学科研工作。
5. 对体外诊断医疗仪器、试剂的质量进行评估，负责第三方检测和临床评估工作。
6. 组织实验室人员培训，开展继续教育，对医学检验专业住院医师进行技能考核工作。
7. 开展临床样品检测工作，承担上海市医疗事故争议的实物检验。