上海市针灸经络研究于2004年正式成立，在上海市科委的领导下确立了的发展目标是：按照国家中医药研究的发展战略，采取新的运行机制和管理模式，创建经络针灸基础研究的创新发展体系，突破；推进临床研究规范化体系完善，强调应用；建立自主知识产权的针灸器材研发体系。促进针灸经络基础与应用现代化研究的协同发展，保持我国在针灸经络研究领域的地位。建成以高水准国际合作为纽带，以基础性研究为主要任务，向国内外开放的针灸经络研究和开发基地。（1）细胞电生理实验室
实验室主任：Wolfgan Schwarz教授（德国马普生物物理研究所），副主任：顾全保教授。主要承担以下研究任务: ①针灸穴位肥大细胞的研究；②GABA能和谷氨酸能系统在针灸镇痛中的作用，③针刺诱导蛋白对转运蛋白功能调控关系的研究。
（2）经穴结构与功能实验室
实验室主任：丁光宏教授。主要承担的任务① 电针对于佐剂型关节炎大鼠的镇痛作用和穴位区物质变化的实验研究② 胶原纤维在针刺缓解大鼠佐剂性关节炎慢性炎症痛中的作用的实验研究。
（3）针灸经络系统生理学实验室
实验室主任：沈雪勇教授。主要承担任务①采用系统生理学的方法观察针刺穴位对靶器官功能的影响②灸的红外特性与生理过程的研究③针刺有效信息对躯体靶器官信息整合；④针刺有效信息对内脏靶器官信息整合：⑤针刺有效信息在神经复杂网络中的外周传输部分的研究
（4）针刺分子神经病学实验室
实验室主任：夏萤教授（美国耶鲁大学医学院）主要承担任务①针刺抗脑缺血效应及其机理②针刺减弱癫痫发作的条件及其机制③针刺对慢性缺氧性脑病的影响。