2003年，在厦门市新一轮教育改革中率先实施与东渡中学合并，实行高初中分设办学，学校分厦禾、东渡两校区，厦禾校区为初中部，东渡校区为高中部；合并后即扩建高中部，扩大优质教育资源。在厦门市所正式申报示范性高中，并于2004年以较高分数通过市级验收。加强同世界教育的交流与合作，积极探索合作办学新路子。与建中教育信托基金合作创办“出国留学实验班”，与菲律宾光启学校合作开办中国文化培训班。如今的厦门六中已发展成为厦门市规模大、设备、师资力量雄厚的著名学府。