南澳县第二中学校址为原隆东中学校址，1998年8月由原后宅镇中学、隆东中学合并而成，定名为南澳县后宅镇中学，属后宅镇镇管的初级中学。1999年5月划为县直属学校，并更名为现校名即南澳县第二中学。

学校领导班子职责分明，团结协作，廉洁奉公，科学管理，工作效率较高。现有行政班子成员14人，其中正副校长4人，设有校长室、教导处、政教处、总务处、团委会。班子成员学历全部合格，均取得中级或中级以上职称，熟悉教育教学工作，有较强的事业心和责任感，能够做到各司其职，团结协作，以身作则，带头艰苦奋斗，勤奋敬业，廉洁奉公，在全体教职工中能起模范带头作用，享有较高威信，是一个比较强有力的领导集体，在学校各项工作中发挥着重要作用。