园区二中建校于一九五六年。当时唯亭镇只有一所完小和数量不多的村小，并且周边乡镇（跨塘、胜浦、斜塘等）也没有初中，解放初期随着人民生活水平的日益提高，国民经济的不断发展，很多人开始强烈希望能进入初中学习，根据这一情况，当时的吴县人民政府批准了在唯亭创办中学，即吴县唯亭初级中学，当时的学生来源于跨塘、车坊、斜塘、胜浦、唯亭及其他乡镇。学校开办时只有两个初一班，120名学生，3名教师，1名会计，以后逐渐发展成双轨制初级中学。到了1969年，当时提出普及高中段教育、读高中不出镇的口号，当年3月由角直中学的唯亭籍教师和唯亭籍学生携带部分办学设备，合并到唯亭初级中学，正式开办了高一班，当时高一只有17名学生。这样园区二中有了高中部的历史，学校名称改为“吴县园区二中”，当时园区二中只有八个班，全校学生共有350人，公民办教师33人。

十一届三中全会以后，在改革开放的路线指引下，国民经济逐渐得到发展和恢复，学校的教育也得到发展，从82年到84年，唯亭镇政府先后投资一百万元，建起了三幢教育大楼，86年建造了一幢四层教职工宿舍楼，在89年建起了一幢三层学生宿舍楼，学校开始有了一定的规模。到93年底，学校已拥有21个初中班，8个高中班，学生人数达1500名，教职工近一百二十人。

1994年4月，由于唯亭镇初中段和高中段教育的不断发展，原校址已不能适应中学教育的需要，搬迁到镇政府投资八百万元新建的新校址。不久，由于行政区划的变动，唯亭镇划归苏州工业园区管辖，吴县园区二中改名为“苏州工业园区第二中学”为了适应社会主义现代化建设的需要，正确处理好普及和提高的关系，96年园区管委会决定：园区二中要扩大高中部的办学规模，由原来的三轨制高中发展成六轨制高中，到97年底，全校共有17个初中班，14个高中班，学生总人数达1600多人，教职工142人。