深圳出入境检验检疫局（以下简称深圳检验检疫局）是直属国家质量监督检验检疫总局（以下简称国家质检总局）的出入境检验检疫机构，正厅级建制。1999年8月，按照国务院及中编办有关口岸管理体制改革的精神，深圳检验检疫局由原深圳卫生检疫局、动植物检疫局和进出口商品检验局合并组建而成。
深圳检验检疫局内设办公室、检务处、卫生检疫处、动物检验检疫处、植物检验检疫处、食品检验监督处等20个处室，下辖皇岗局1个（副厅级）分支局以及蛇口、文锦渡、罗湖、盐田、宝安、龙岗、深圳湾等11个正处级分支局，出口加工区、驻邮局、福田保区、华南国际物流等4个正处级办事处，以及动植物检验检疫技术、食品检验检疫技术、工业品检测技术、玩具检测技术、国际旅行卫生保健、深圳检验检疫局信息、机关服务等8个直属事业单位，以及深圳出入境检验检疫协会、深圳市检验检疫科学研究院两个挂靠单位。
深圳检验检疫局的主要职责是：
（1）、贯彻执行出入境卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验法律、法规和政策规定的实施细则、办法及工作规程，负责所辖区域的出入境检验检疫、鉴定、认证和监督管理等行政执法工作。
（2）、负责实施进出口商品（含食品）的法定检验和监督管理，负责实施一般包装和出口危险品货物包装检验，负责进出口商品鉴定管理工作，负责实施外商投资财产鉴定，办理进出口商品复验工作等等。