深圳市温州商会原名深圳市总商会温州商会，于2007年4月22日成立，是深圳市工商业联合会属下非法人基层组织。2009年12月，经深圳市民政局批准成立为深圳市温州商会,成为了具有法人资格的社会团体，并于2010年1月13日召开成立大会暨届理事会职典礼。
商会自成立以来一直坚持以“履行职能，团结、教育、引导、服务广大会员，促进温州企业之间商贸交流，推动深圳、温州两地经济的健康发展”为宗旨，对提高会员的影响力及竞争力都起到了举足轻重的作用，吸引了在深温籍企业纷纷加入，迄今发展会员单位1385家。会员企业涉及机电、电子、印刷、家私、通讯、服装、手表、投资、服务等多行业。
深圳市欧华创业投资基金管理有限公司董事长、深圳马道创业投资基金合伙企业执行事务合伙人主席、深圳市浙温商投资股份有限公司董事长、深圳市中晟泰科技有限公司董事长、深圳市泰宇机电设备连锁有限公司董事长，乐清籍企业家陈星平先生当选为首任商会会长，他身兼深圳市政协委员、世界温州人联谊总会副会长等十多个社会职务，以陈星平任职会长的首届领导班子，励精图治，带领商会稳步发展。
深圳市温州商会在日常工作中，充分发挥桥梁纽带作用，服务企业、利益代言、引导会员企业自律发展，推进社会公益事业发展的功能效应，在促进深圳与内地各省市之间的经济文化交流、推进区域经济合作、回馈桑梓、扩大对内流通和对外开放、推进“和谐社会”建设等层面都发挥了重要的作用。
商会坚持用科学发展观统领全面工作，加强自身建设，呈稳定健康发展并取得一定的成绩。2007年商会成立党支部，从2007年起连续被评为“深圳市总商会基层组织”。此后成立的圳市温州商会仲裁调解有力的解决了会员们在经济活动中遇到的各种纠纷和难题。商会积极探索商会文化建设，不断提高会员的人文素养。秘书处创办的《鹏城温商》季刊，得到社会各界的好评；高尔夫球队和艺术团的创立为广大会员提供了学习娱乐的有力平台。
商会先后成立了深圳市浙温商投资股份有限公司、深圳马道创业投资基金、深圳市温商小额贷款有限责任公司。充分发挥“天下温州人”在民间资本，项目源上的独有优势，优先支持会员企业。真正地树立起浙温商这个品牌，成为温州商会组织的一个典范。此外，商会在社会公益事业上更是不遗余力。近年来，在扶贫助学、支援国防、公益助残等社会慈善事业上已累积投入千余万元。
在深圳、温州两地市委的关怀下，经全体会员的共同努力，商会成立今积累了丰富的工作经验并取得了一定的成绩，秉承着服务会员的理念，促进温州企业之间商贸交流，推动着深圳、温州两地经济的健康发展。