南京市第三中学坐落在白下区太平南路商业街。校址原为创建于光绪二十八年(1902年)的上元高等小学，而后四易其名，1938年改为正始中学，1946年学校改称为南京市第三中学。从四十年代正始中学的格物致志诚意正心修身齐家治国平天下；到五十年代的诚朴友爱勤学向上；到八十年代五有一和谐的办学蓝图和九十年代的教学生学会做人，教学生学会学习，学校贯穿着一条治学做人的办学理念。1995年被确认为南京首批高中，1998年被确认为江苏省高中，1999年被评为江苏省模范学校，2005年被省教育厅确定为四普通高中。

　　根据2005年白下区政府有关教育布局调整的决定，南京三中高、初中分别设置。高中为两个校区，即三中本部校区（白下路117号）、三中高三校区（金銮巷2号）。2005年8月，初中移址办学（校址：文昌巷63号，原南京22中校园），更名为文昌初级中学，实行了三。