前身位于广东省肇庆，1950年因战乱而停办，直1955年由葡国耶稣会会士戈振东神父在澳门复办。现时海星中学与澳门利玛窦中学同属耶稣会所管理。每年的十二月八日为该校在澳的建校纪念日。其在澳门教育暨青年局注册的校部编号分别是004（正校）和005（分校）。

20世纪初，耶稣会在葡萄牙的会士应天主教澳门教区主教邀请派遣会士往中国高要县传教。耶稣会秉承推广本地文化与基督福音整合之精神，于1917年，在广东省肇庆府创办海星中学教育青少年；1950年，因战乱及政治形势而停办。

1995年，耶稣会会士戈振东神父等辗转去到澳门，目睹澳门经济萧条及接触无数贫困家庭，遂于澳门高楼街复办海星中学，为贫苦失学儿童提供基础教育。及1959年，戈振东神父奉调返葡萄牙，谭志清神父接任海星中学校长。1964年及1974年，海星中学于圣若瑟修院内增设初中部及高中部。1975年7月，教区主教指派教区司铎刘志超神父出任副校长。

1995年，在高楼街原小学进行拆建，建立了现时的新中学部，此，海星中学乃逐渐成为一所完整的中学，并附设小学及幼稚园。1997年，由于具备初中程度的在职或失业人口众多，谭神父再度秉承耶稣会的办学精神，开办夜中四、中五及中六课程。

2002年7月，谭志清神父退休，蔡梓瑜出任第三任校长。2003年5月，耶稣会委托海星中学，开办海星教育资源；并于2004年2月开办成人教育部。