北京大学民营经济研究院是在我国著名经济学家厉以宁教授的倡议下于2005年7月28日成立的校级研究机构。香港中小企业国际交流协会为研究院提供了建院的启动资金。

随着中国经济的高速发展，民营经济已经成为中国经济发展的亮点和动力。中国民营经济发展不仅仅是一个短期的局部的经济现象，它蕴藏着丰富的精神内涵和重大的时代意义，需要我们用新的眼光看待民营经济，用新的思维研究民营经济，为其跨越式发展提供理论和实践的支持，为培养具有现代化与国际化管理水平的民营企业家而不懈努力。

北京大学民营经济研究院正是为了适应形势发展的需要而成立的，“研究民营经济发展，促进民营企业腾飞”是研究院的建院宗旨。厉以宁教授对中国民营经济政策方针的出台和民营经济理论研究起到了非常重要的推动作用。从2003年开始，厉以宁教授领导全国政协"民营经济调查组"对辽宁省、广东省以及多个省市的民营企业作了大量的调查，汇成《关于促进非公有制经济发展的几点建议》的报告。2004年2月，总理在这份报告上作了重要批示，建议针对促进非公经济发展形成一个政策性指导文件。2005年1月，国务院常务会议正式通过《关于鼓励支持和引导非公有制经济发展的若干意见》（俗称“非公经济36条”）。

北京大学民营经济研究院集中了一批以厉以宁教授为代表的有着深厚造诣的学者，并有一批北大校内跨部门、跨学科的中青年学术骨干承担研究任务。研究院与全国工商联及政府各部门的民营企业管理机构保持经常性的工作关系，研究院还邀请国内外知名学者以及著名民营企业家作为特邀研究员或顾问。