阜南实验中学系阜南师范学校于1997年转制组建而成。原阜南师范学校成立于上世纪50年代。

阜南实验中学2002年4月在全市率先通过组评估验收，被命名为“阜阳市特色示范中学”；阜南教师进修学校被市教育局确定为“阜阳市中小学教师继续教育”。2013年2月27日，阜南县实验中学被国家教育部、国家语言文字工作委员会认定为语言文字规范化示范校。这是实验中学在同一年里继获得全国“五五”普法单位后获得的又一殊荣，是学校文明创建建设发展进程中的又一重大成果。

2013年6月28日，艳阳高照，花木吐翠，阜南实验中学校园内处处洋溢着节日的喜庆。鲜艳下写有“阜南实验中学安徽省示范高中”的巨型背景牌格外惹人注目。9:30分许，仪式开始。县委常委、县委宣传部部长刘峰主持揭牌仪式，实验中学校长尹维川致欢迎词，市教育局副局长张如明宣读安徽省教育厅批复文件，阜南一中校长刘耸致贺词，副县长李先锋代表县委县政府致辞，市政府副市长黄珍，县委书记、县人大常委会主任白飚出席并共同为阜南实验中学荣膺“安徽省示范高中”揭牌。出席揭牌仪式的还有县人大常委会副主任周莉、县政协副主席杨翠萍、县教育局局长安志刚、县直学校及各乡镇学校校长、学生家长代表及特邀嘉宾、全校师生员工等。

2001年首届高中毕业生78人参加毕业考试，本科达线15人；

2002年本科达线63人；

2003年本科达线86人；

2004年本科达线271人（含艺体）；

2005年高考本科达线350人（含艺体），其中翠同学以620分的成绩荣膺县“文科状元”。另外中小学校长、教师的培训工作成绩显著，，先后承办中小学校长岗位培训班、提高培训班、研修班共15期，培训校长3450人次，学历培训5100人次，学历提高培训410人。乡镇转岗分流人员和新教师培训670人，骨干教师培训100人，全员培训、校本培训参训8750人。

2005年被命名为“安徽省语言文字示范学校”，并通过国家示范性县级教师培训机构评估验收。

2012年本科达线500多人。

2013年被评为安徽省示范高中。