南宁市邕宁区那楼中学创办于1950年秋，前身为“灵西中学”，原隶属广东省灵山县管辖，校址为原三凝书院（创办于1888年）旧址。1951年2月，更名为“邕宁县第二初级中学”，1969年9月开始招高中，学校成为完全中学，校名又改为“邕宁县那楼中学”，2005年撤县设区后更名为“南宁市邕宁区那楼中学”，是一所公办学校。
2012年，学校有教职工121人，其中专任教师104人，教师5人，一级教师71人，本科学历以上86人，学历合格率。现有34个教学班，在校生1918人。
近年来，学校在上级大力支持下，全面开展校园基础设施建设，共投资2440多万元，其中上级拨款1949.63万元。学校的办学条件得到了极大的改善，校容校貌焕然一新，教学设施配置已达到初中Ⅱ类学校配置标准。所有教室都已经安装了“班班通”多媒体，师生可以充分利用现代化教学手段进行教与学；安装了教师电子办公室1间，物理、化学实验室配备齐全。图书室、阅览室基本达到办学要求。学生的住宿条件得到了彻底的改变，所有内宿生都住进了宽敞明亮的公寓楼，学生用水用电非常方便。近年来，学校狠抓教育教学管理，教育教学质量稳步提高。学校先后荣获“南宁市集体”、“南宁市青少年科技活动单位”、“邕宁区中考成绩综合评估二等奖”、“邕宁区中小学教学常规管理一等奖”等多项荣誉,2012年中考综合评估获邕宁区中考综合评估三等奖，在社会上享有良好的声誉。
整个校园处处洋溢着和谐的气息，散发着花香、书香、墨香；达到了净化、绿化、美化、文化的境界，是一个和谐、绿色、催人奋进的校园，是莘莘学子读书求学的理想之地。
清朝时期
那楼中学本数据来源于百度地图，终结果以百度地图数据为准。清光绪十四年（1888年），那楼乡绅麻厚光等捐建三凝书院（那楼中学前身）。为三宁地区所学校。
清光绪三十一年（1905年），中国废科举，兴学堂，举人李献廷、附贡陆文鼎、监生黄爵侯、庠生杜魁等人便在三凝书院处改设了两等小学堂。次年（1906），土匪赖春元劫杀学员黄玉枝等5人，这座学院一度被废弃。1911年之后才又重新修建并开放。
民国时期
三凝书院继续随着旧中国社会的动荡经历磨难，其间，学院的名字被变更了多次——先后被命名为“灵山县第八区立小学”“灵山县第八区各乡联立校”等。
中华人民共和国时期
1950年，新成立的当地人民政府将书院更名为“灵西中学”。
1950年秋，那楼中学创办于三凝书院旧址。
1951年2月含那楼在内的三宁地区划入广西邕宁县，校名改为邕宁县第二初级中学。
1969年9月开始招收高中生，成为完全中学，又改名为“邕宁县那楼中学”，为县办中学。
2005年3月，邕宁县撤县分区后，更名为“邕宁区那楼中学”。
2005年撤销镇龙乡后，为了适应教育形势发展的需要，合理调整学校布局，优化教育资源，城区政府作出了撤销镇龙中学的决定。原镇龙中学的27名教职工，200多名学生全部由那楼中学接收，其不动产则划归镇龙小学。
2008年秋，撤销高中部，改为初级中学。
2014年7月，那楼镇初级中学停止招生，那楼镇户籍所有小学毕业生成为学校生源，是年初一设18个教学班。
1969年9月，那楼中学开始招收高中新生。是年，高中开设2个班，学生100多人。学生生源来自于那楼、刘圩、中和、新江、百济5个乡的初中毕业生。
高中部一直均设6个班，学生250~320人不等。
2008年，高中部撤销，改为初级中学。
那楼中学占地81亩，有东门、西门两个大门，直通镇区主干道政通路和中环路。2013年，全校有教学楼4栋（含2013年新建1栋），综合楼1栋，学生宿舍楼5栋（含2013新建1栋），饭堂2栋（含2013新建1栋），教师宿舍楼4栋，体育馆1栋；电脑室2个，物理实验室2个，化学实验室2个，生物实验室1个，大型多媒体教室2个，33个教学班教室全部设备多媒体。体育设施方面，全校有田径足球场1个（200米跑道），篮球场3个，50米跑道1条，排球场3个，乒乓球场地1处，体育馆一个。
2007年，高中（南宁市第二中学、南宁市第三中学）上线人数27人，示范性高中（B+等级以上）上线突破100人。居南宁市六城区乡镇中学之首。
2008年，A+等级2人，A25人，A等级以上27人，高中上线人数27人。
2009年，中考成绩不详。
2010年，中考成绩不详。
2011年，A+等级4人，其中全A+1人，A19人，A等级以上共23人，示范性高中（B+等级以上）上线65人。
2012年，A+等级4人，A18人，A等级以上共22人，示范性高中（B+等级以上）上线62人。
2013年，A+等级0人，A19人，A等级以上共19人。
2014年，全校考生496人，A+等级6人，A+上线率1.21%，其中全A+1人，是邕宁区全A+；A25人，A等级以上共31人，上线率6.25%；B+等级68人，示范性高中上线人数99人，上线率19.96%，创历史新高。