南通市实验中学前身为私立崇敬中学，创建人顾儆基（字仲敬）先生本着“以学为人”的宗旨，1917年斥私资创建中英学塾，后几易编制，四迁校址，两建校舍，1928年正式定名为“私立崇敬中学”。1952年，学校改为公办，高中部并入南通中学，遂更名为“南通市第三初级中学”，并为南通市初中，顾仲敬老先生继任校长，1960年，学校被确定为省66所教改试点学校之一。1972年，学校再次更名为“南通市第十三中学”。1989年，随着教改形势发展的需要，学校定名为“南通市实验中学”。
南通市实验中学位于南通市濠滨别业37号附近，南通市实验中学提倡“对学生负责、对家长负责和对社会负责”的办学理念，树立“勤奋、求实、文明、创新”的校风。九十年来，学校秉承“诚恒”、“惟真”的校训，贯彻党的教育方针，坚持“以人为本，注重学生个性发展”的教育理念，促进学生全面发展。学校创办今，培养人才数万，其中不乏各界名流、国家栋梁。著名电影人赵丹、顾而已、钱千里等从这里的“小小剧社”走向艺术；中共南通市委任书记、原中科院原子能研究所党委书记赵朗，中科院学部委员、上海生化研究所所长德宝，原中国科技大学校长管惟炎，第三军医大学教授管惟宾，美籍华人天文学家范云章，中国电视台节目主持人仲阳……都在这里打下了坚实的文化基础。
学校高举“科研兴校”大旗，坚持教改实验，先后承担了“五四学制教改试验”、“课堂教学整体优化”以及省十五规划课题“小班化教育实验研究”与市十五课题“自主教育实践研究”，都已顺利结题，成果显著。现“自主优效课堂”学生学习方式的导引研究”又成功申报“省‘十一五’”规划课题新课题。
昨日千树桃李迎朝阳，今朝满园群芳争艳春。近十年来，师生中有千人次以上或在各类报刊杂志发表文章，或在各级各类竞赛中“金榜题名”，或在全国、省、市文化活动中获奖；有百余人次获全国各级各类表彰、荣誉称号；有四十余名师生参加“国庆五十周年首都各界联欢焰火晚会”大型歌舞《海岸花鼓》表演，并获“五好表演队”称号；中考各项指标历年来均居市区前茅。学校先后获得“市文明单位”、“市德育学校”、“市十佳校园”、“市模范学校”、“江苏省艺术教育集体”、“江苏省实施教育现代化工程示范初中”等称号。