厦门市第五中学办学历史源远流长，系我市教育发源地。2006年10月27日是学校的百年华诞。厦门五中起源于明、清时期的义学和玉屏书院，1906年改称厦门中学堂。学校先后易名为思明中学、省立十三中学、省立厦门中学。解放后，人民政府接管学校，省中、市中合并为厦门中学。随着人民教育事业的迅速发展，1955年秋，将厦门一中师生一分为二，在玉屏书院原址定名为厦门第五中学今。
玉屏人杰地灵。厦门五中富有光荣的革命传统。省立十三中、省中时期，学校是厦门中共地下党组织据点。许多热血青年在这里求学求真，走上革命道路。叶飞、方毅等无产革命家是这所学校的学生，著名科学家卢嘉锡曾在这里任教。抗战胜利后直解放前夕，在中共地下党的领导下，在校进步师生团结广大师生，积极开展卓有成效的革命活动，为迎接厦门的解放做出积极的贡献。厦门五中是求真的沃土、革命的摇篮，培育出一大批社会精英人才。其中现外交大使黄桂芳、马来西亚丹斯里拿督林清标、集美大学校长辜建德、北京大学著名教授陈志达、著名企业家陈金烈、潘金龙等是杰出代表。
改革开放以来，厦门五中在党和人民政府的关怀下，在市委教育工委、市教育局直接领导和支持下，全面贯彻党的教育方针，坚持以人为本，以质取胜的办学理念，积极开展以课堂教学改革为、以丰富多彩的课外科技、体育、艺术等活动为载体的素质教育活动，努力使不同层次的同学都能在原有的基础上得到提高，努力使不同专长的同学都能得到全面发展。学校围绕弘扬中华美德，构建和谐学校这一主题，扎实地开展学校德育工作。同时建立以学校、家庭、社会三结合的教育网络，发挥共建共育的优势，推进绿洲工程。积极开展教师培训、进修、听课、讲座、交流等模式的继续教育活动，建设一支师德良好、知识扎实、严谨治学、谦虚进取的高素质教师队伍。近几年，教师在校级以上各级各类刊物、杂志、学报上发表教学论文以及编写教材教辅书籍近140篇（册），其中50多篇（册），在全国和省市中青年教师说课评比活动、中学课堂创新大赛、教学设计竞赛、教师个人基本功等与教师相关业务活动中获得各种奖励90多项。教育教学质量优良，办学成绩斐然，赢得社会各界的赞赏。