苍南县第二实验小学创办于清光绪32年(1906年),学校以师资雄厚、治学严谨享誉浙南,慕名而来求学者不乏其人,杨忠道、苏渊雷、苏步青、李锐夫等名家曾在本校学习过。学校办学成效显著,1990年12月被苍南县人民政府命名为苍南县第二实验小学。1993年秋学校迁入现址。
近年来,学校确立育人为本,质量,突出特色,全面发展的办学理念, 恪守以学展为本,为学生一生奠基的教育思想。坚持走教育改革实验和特色化教育之路,以小班化教育为载体,以英语教学和艺术教育为两翼,以教育技术信息化为助推器,全面实施素质教育。学校被评为浙江省示范小学、现代教育技术实验学校、教育科学实验学校、少先队全国红旗大队、温州市文明单位、温州市红领巾示范学校、温州市推行《国家体育锻炼标准施行办法》学校、温州市中小学日常行为规范达标学校、温州市红领巾示范学校、苍南县绿色学校等称号。