南方农业机械与装备关键技术省部共建教育部实验室溯源于1958年成立的华南农学院农业机械实验室，1982年经华南农业大学批准成立“土壤机器系统实验室”，1986年经农业部批准成立“农业部动力能源研究室”，2000年经华南农业大学批准成立“现代农业工程实验室”， 2003年经华南农业大学批准成立“南方农业机械与装备关键技术实验室”（校级实验室），2006年通过广东省教育厅实验室评审，成为广东省高等学校实验室。
实验室依托的农业机械化工程学科1981年批准为硕士点，1986年批准为博士点，1999年批准为农业部学科，2000年、2003年、2007年三次被评为广东省学科，2007年入选为国家（培育）学科。2005年广东省学科评估为，2003年获得农业工程一级学科博士、硕士授予权，并被批准为农业工程博士后流动站。2006年在教育部学科与研究生教育发展组织的第二轮学科评估中，在全国农业工程学科参评单位中排名第5，在广东省各高校进入各学科前10名的12个学科中排名第2。本学科是华南农业大学“九五”和“十五”“211工程”（省部共建）建设学科和建设项目。