清华大学生物科学与技术系在1984年恢复成立，微生物实验室也在1986年成立。微生物实验室初期的研究方向是微生物法生产二元酸的工艺技术研究，主要精力集中在微生物的教学和实验室的建设上。周培谨教授、刘祖同教授和李艺讲师、郑佐兴讲师、曾荣讲师，在实验室创建期间作出了他们的贡献，为微生物实验室后来的发展打下了良好的基础。

生物科学与技术的快速发展，也给微生物实验室提供了机会。通过从海外招收杰出人员，生物科学与技术系逐渐进入了旺盛期。1994年陈国强博士应聘从加拿大阿尔伯达大学微生物系回来，接替即将退休的刘祖同教授担任微生物实验主任。微生物实验室也从教学为主转向科研为主并进入了它的快速发展时期，从单一的二元酸发酵发展到以分子生物学和基因工程为基础，工业微生物学为支柱，应用开发为终目的的综合实验室。固定工作人员包括陈国强教授（长江学者）、陈金春（副教授）、吴琼（副研究员）、汪立娟（秘书）和邢慧（后勤）。实验室的研究人员组成也从单一的微生物专业人员发展到有分子生物学、微生物学、化学、化学工程、高分子科学和材料科学等专业的多学科队伍。研究领域涉及微生物分子生物学、微生物基因工程、微生物代谢调控、微生物发酵工程和下游产品回收技术开发。研究课题包括微生物法合成新型材料，手性药物中间体的微生物合成，微生物合成材料的组织工程应用等。培养了许多能掌握从分子生物学基础出发到发酵生产工艺建立和产品回收等技能的专业人才。

目前微生物实验室与本校高分子研究所张增民教授、胡平教授、徐军副教授，本校材料系崔福斋教授、冯庆玲教授合作开展微生物合成的新型高分子材料聚羟基脂肪酸酯pha的应用研究，与化工系沈忠耀教授、曹竹安教授、邢新会教授开展发酵工艺的优化和放大研究，与化学系的孙素琴教授开展生物分子无损检测技术开发等合作研究。扩大了实验室学生的视野和知识面。

从1994年到现在，总共培养5位中外博士后、14名博士生、29名硕士研究生、92名本科生和国内外访问学者6人，他们在微生物实验室完成他们的论文和工作，目前部分学生在国内外各个领域做出了突出的成绩。