1999年，全市有幼儿园289所，入园幼儿5.53万人，教职工2399人；小学1092所，在校学生40万人，教职工1.58万人；中学138所，在校学生14.03万人，教职工8748人；各类职业学校33所，在校学生2.65万人，教职工813人；中等师范学校2所，在校学生3100多人，教职工285人；高等学校1所，在校学生1738人，专任教师138人。2000年，全市高考录取总人数创历史新高，突破3000人大关。2005年12月，成立广西英华国际职业学院。

2006年2月，经教育部批准，钦州师范高等专科学校升格为钦州学院，成为广西沿海地区所综合性公办本科院校。全市有幼儿园823所，入园幼儿9.36万人，专任教师6370人；小学1109所，在校学生39.11万人，专任教师1.27万人；中学154所（其中自治区示范性普通高中4所），在校学生19万人，专任教师8469人；中等职业学校23所，在校学生2.69万人，专任教师1637人；高等学校2所（本科1所、职业学院1所），各类在校学生9098人（其中本科生694人），专任教师370人。全市教育经费总支出7.97亿元。

2007年，钦州市“两基”工作通过国家达标评估验收。浦北中学考生林丽渊获2007年高考广西文科名。2008年，全市有幼儿园1123所，在园儿童7.75万人；小学1093所，在校学生40.48万人，专任教师1.5万人；普通中学124所（其中完全中学23所，自治区示范性高中4所，初级中学95所，九年一贯制学校2所），在校学生20.07万人，专任教师9247人；职业学校21所，在校学生3.02万人，专任教师978人；普通高等学校2所，在校学生1.45万人，专任教师842人。全市教育经费总支出16.37亿元。

钦州有民族英雄冯子材创建的123年历史（2013年）的省级示范性高中钦州市中学，和省级示范性高中钦州市第二中学，钦州市第三中学。还有钦州市第五中学，钦州市第六中学，钦州市第七中学，钦州市第八中学等中学。

到2011年底，钦州的大学一共有两个，一个是北部湾大学，是广西北部湾沿海的（一本）本科院校，2011年5月钦州学院已经通过国家教育部和自治区发展教育规划，2011年7月1日在钦州学院基础上筹建北部湾大学，将办成一所广西北部湾沿海（一本）高校，预计2013年投入使用。另一个是广西英华国际职业学院，为三本本科高校，成立于2005年12月。